案件指定异地办理后检方撤诉
宣判后，牟秀华不服，提出上诉。2005年8月4日，潍坊市中级法院对此案作出裁定，认为原审判决认定牟秀华犯贪污罪的证据不足，裁定撤销（2004）坊刑初字第134号刑事判决，将案件发回重审。
2005年12月27日，坊子区法院作出（2005）坊刑重字第1号刑事判决书，以几近相同的证据，再次认定牟秀华贪污公款90800万元，判其有期徒刑6年。
牟秀华不服判决，又提出上诉。2006年3月20日，潍坊市中级法院作出（2006）潍刑二终字第2号刑事裁定书，裁定原判决认定牟秀华犯贪污罪的事实不清、证据不足，撤销（2005）坊刑重字第1号刑事判决书，将此案再次发回坊子区法院重新审理。
2006年9月30日，坊子区法院作出（2006）坊刑重字第1号刑事判决书，第三次认定牟秀华贪污公款90800万元，判处有期徒刑6年。
宣判后，牟秀华仍不服、上诉。2006年10月26日，潍坊市中级法院对此案作出（2006）潍刑二终字第61号刑事判决书，认为原审判决认定牟秀华贪污公款90800元错误，牟秀华贪污公款实际数额为44080元，改判牟秀华有期徒刑3年，缓行3年。据悉，此时距她被逮捕已2年7个月。
对这一结果，牟秀华向潍坊市中级法院提出申诉。2007年5月，潍坊市中级法院驳回牟秀华的申诉。之后，她向山东省高级法院提出申诉。
2013年12月20日，山东省高级法院作出（2012）鲁刑监字第76号再审决定书，认定本案据以定罪量刑的证据不确实、不充分，决定指令潍坊市中级法院另行组成合议庭，对本案进行再审。
2014年8月15日，潍坊市中级法院作出（2014）潍刑再字第2号刑事裁定书，裁定撤销之前判决，指定潍坊市潍城区法院对本案重新审判。
2016年12月21日，潍城区法院作出（2016）鲁0702刑再2号刑事裁定，准许撤回对牟秀华的起诉。2017年1月19日，潍城区检察院对牟秀华作出不起诉决定。